Siglo XX

Con la muerte de Alfaro, Leónidas Plaza toma el mando en un nuevo siglo, fue todo más pacífico y los liberales, con sede en Guayaquil continuaron en el poder con Alfredo Baquerizo, el cual procedió el saneamiento de la ciudad en donde a fiebre amarilla había sido endémica hasta entonces, como reflejo de que la burguesía guayaquileña era la fuerza dominante tras el enriquecimiento que le supuso el auge comercial durante la Primera Guerra Mundial.

 A esta breve época de prosperidad siguió sin embargo una muy fuerte depresión a mediados de los años 20, con altas tasas de inflación y descenso de las importaciones, cuando las plagas destruyeron la mayoría de las plantaciones de cacao.; consecuencia de la crisis fue la consolidación como nueva fuerza social de los trabajadores urbanos, organizados ya en sindicatos en Guayaquil, en especial la Federación de Trabajadores Regional de Ecuador: su revuelta más fuerte, con represión armada, se saldó con varios cientos de muertos en noviembre de 1922. Consecuencias de esto fue un golpe militar en 1925, luego dejando al liberal Isidro Ayora en poder.

 A raíz de esto Guayaquil siguió su camino como eje principal del comercio del Ecuador, aunque tuvo que soportar los efectos de la gran depresión mundial de los años treinta y la Segunda Guerra Mundial, también sufrió con los estragos de la Guerra peruano-ecuatoriana de 1941 en la cual la ciudad se involucra con un enfrentamiento naval conocido como la Batalla de Jambelí en el Golfo de Guayaquil.